Stasiun Meteorologi Kualanamu dipimpin oleh seorang Kepala Stasiun. Dalam melaksanakan tugasnya kepala stasiun dibantu oleh 1 orang kepala Sub Bagian Tata Usaha dan 2 orang Koordinator Bidang yaitu, Bidang Observasi dan Bidang Data dan Informasi.

Koordinator Bidang Observasi membawahi beberapa Kelompok Fungsional yaitu:

• Kelompok Observasi
• Kelompok Aerologi
• Kelompok Peralatan dan Teknis

Sedangkan Koordinator Bidang Data dan Informasi membawahi Kelompok Fungsional :

• Kelompok Prakirawan
• Kelompok Pengolahan Data

Bagan Struktur Organisasi Stasiun Meteorologi Kualanamu